区内共有野生动物1555种,其中鸟类296种。国家一级重点保护鸟类有丹顶鹤、白头鹤、白鹤、大鸨、东方白鹳、黑鹳、金雕、白尾海雕、中华秋沙鸭、遗鸥10种,国家二级保护鸟类有灰鹤、白枕鹤、大天鹅、小天鹅、白琵鹭等49种。
区内共有种子植物393种,其中野生种子植物116种。天然芦苇2.7万公顷,天然草地1.2万公顷,是中国沿海最大的新生湿地自然植被区。
黄河口地形地貌和独特的自然资源形成了以“奇、特、旷、野、新”为主要美学特征的自然景观和生态旅游资源。
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