顺治十年，皇帝设立宫廷药房“御药房”，隶属于内务府，负责药品的采买、制作及储备。同时太医院派来的御医还要在这里进行值班，叫做侍直，分为宫直和外直。“宫直”由院使、院判、御医、吏目分班侍直，他们主要是为帝后嫔妃们诊病。“外直”也叫“六直”，由御医、吏目、医士分班侍直，给宫内太监 、嬷嬷等杂差看病。

    在御药房之下，又设外药房和内药房。外药房是各宫太监及管事取药之地。内药房则专给皇帝、后妃等取药。后来又因内庭人员众多，一个内药房很难满足需求，于是在寿康宫、储秀宫以及圆明园等处也设药房，并任命2名内务府大臣分别管理药房事务，对外仍统称“御药房”。

    同治时期，宫廷还设寿药房。现在故宫里面还保存着“寿药房”匾和一些刻有寿药房字样的银质药具。

    皇帝、后妃如有病，御医赴各宫看病，称之为“请脉”。由御药房专职带领前往，诊视皇帝时，先行君臣之礼，然后由第一位御医跪诊左手，第二位跪诊右手，之后再互换。然后要叩问皇帝身体感觉。诊完，要和内臣一起去合药、取药，将药贴联名封记，并详细记录该方药性及治疗之法，最后还要在年、月、日之下签名，以备查考。