清算土地增值税会给房地产企业增加多少成本，按照国税总局的规定，除了土地增值额小于20%的普通标准住宅可以免征土地增值税外，其他房地产开发项目应按土地增值额的30%~60%的税率征收。也就是说，利润率越高，征税比例就会越大。房地产曾被无数人称为“暴利行业”，对于该税种的清算，有评论者宣称 这不仅有望终结房地产的“暴利时代”，还会“要了一些开发商的命”。

　　“要命”之说或许言过其实，但有好事者给上海每平方米售价11万元的汤臣一品“清算”了一下，该项目总建筑面积只有14万平方米，只能属于中型楼盘，不过严格算来竟需要缴纳52.5亿元土地增值税，数额之大，十分惊人。要知道，在清算之前的2006年，全国土地增值税的收入才不过231亿元。

　　政策的出台给房地产市场和股市均造成重大影响，1月17日，在通知出台的第二天，沪深房地产股票全线跌停。万科等少数企业声明已经预提了土地增值税，此后部分房地产股有所回升。但全国大部分房企并未向万科那样声明曾预提过土地增值税。到了1月31日，在清算大限的前一天，沪深股市创多年来跌幅之最，房地产股损失尤为惨重。

　　有市场分析人士指出，这表明投资者已经将“土地增值税”视为房地产企业的重大利空。