部分科学家反对制造超级病毒，原因在于病毒制造过程违背自然。他们认为，实验室里进行基因重组容易，但在大自然中基因重组产生病毒的情况较少。如此可能出现的最糟糕情形是，科学家制造出了大自然中也许永远不会产生的极度危险的病毒。比如，澳大利亚研究人员在2001年制造出新型鼠皮疹病毒，毒性超过原病毒的任何自然变种。