中国国民党“十六全”改选了全部210席的中央委员，并且重组了31席的中常委，全面改组了原国民党决策结构，确立了以连战为领导的国民党权力核心。

　 在谈及两岸关系时，连战说，台湾当局应该正面回应在野党共同的意见，尽速召开“国家统一委员会”，回归“九二共识”，重启两岸制度性的协商机制，追求两岸和平稳定关系；面对两岸可望加入世界贸易组织的契机，台湾当局应加速调整两岸“三通”及“戒急用忍”的大陆政策，以活络两岸经贸交流，带动台湾景气的复苏。

　 部分代表在全会上提出开除前国民党主席李登辉党籍的动议，谴责李登辉辞去国民党主席后“政治动作依然不断”，“与‘台独’相勾结”，其“毁党、叛党”行为“有目共睹、铁证如山”，呼吁国民党中央不要“姑息养奸”，应调查李登辉的违纪事实，作出裁决，开除其党籍。另有部分民众在“十六全”会场外，呼喊“清除党内毒瘤，国民党才有明天”的口号，要求国民党中央尽速开除李登辉。