通过对X射线和γ射线的探测和分析，对研究宇宙γ射线暴的起源、产生机制、爆发的能谱及特征等有重要的科学意义。

　 太阳耀斑中质子耀斑（质子事件）产生的高能质子辐射，对载人飞船有很大威胁，对短波通讯、洪涝灾害等也有直接影响。通过对太阳高能辐射变化的观测研究可以判断耀斑性质，可能提前几十小时对质子事件作出警报，在太阳活动高峰年期间对太阳高能电磁辐射进行监测，具有重要的科学意义。因此，我国天文学家将以“神舟二号”飞船为平台，同样利用由上述设备组成的宽能区、高时间分辨率谱仪，在进行宇宙γ射线暴探测研究的同时兼顾太阳耀斑高能辐射监测。

　 这一项目是我国首次对γ射线暴和太阳耀斑进行空间探测。在观测的能谱段设置、时间分辨率及观测任务所处时间上均有我国自己的特色。

　 此外，科学家还将用安装在“神舟二号”飞船上的大气成分探测器、大气密度探测器、径迹探测器，监视空间环境的变化，为空间环境预报和报警提供实时监测数据。即利用空间环境预报中心，收集、综合、分析国内外卫星和地面观测数据，提供飞船运行轨道的有关大气参数及太阳活动和地磁活动参数，预报飞船发射、运行期间空间环境状况和可能出现的空间环境异常，并在出现危急情况时发布警报。在载人航天工程的各个阶段发布远期、中期、近期预报，为载人航天器运行的空间环境提供安全保障。它是将来宇航员出舱活动的“空间天气预报”系统。